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生物组培车间净化系统工程主要是为了在植物组织培养过程中避免污染，建设经济适用并适合生物组培的环境，使药物配置、接种、培养等过程都在合适的条件下完成。该昆明净化工程的重点是对于无菌室的构建和设计，根据要求无菌组织培养接种物的清洁水平应达到10,000级别，使用超清洁工作台可达到局部100的清洁水平，主要的接种任务在超清洁工作台上完成。其次，照度不小于300 LUX，相邻区域之间的压力差不小于5 Pa，正常区域不小于10 Pa，并且温度和湿度在正常范围内。
净化工程对于不同功能的组培车间有不同的设计要求。其中灭菌室主要负责实验器具的清洗、干燥、放置和培养基灭菌等，设计要求空间明亮宽敞、地面容易清洁并防滑。培养室主要用于离体材料的培养，需要根据材料调节光照和温度，并能够交换空气满足生长需求，这些都需要在相对无菌的条件进行。在环境要求比较严格的空间，操作人员需要穿灭菌服，并对环境进行杀菌处理。比如接种室，需要对空间进行清洁消毒，并用紫外线灭菌灯照射灭菌。
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